Вскоре после смерти Федора Алексеевича, Нарышкины, поддерживаемые всеми благомыслящими боярами, превозмогли Милославских и государственные чины провозгласили единогласно 10-тилетнего Петра Царем, Москва и за ней вся Россия присягнули ему беспрекословно. Милославские с Царевною Софией во главе убедили тогда страдальцев, что Нарышкин погубили Царя Федора и грозит подобной участие и брату его Ивану. Через две недели по воцарению Петра в Стрелецких слободах вспыхнул мятеж, стрельцы умертвили до 70 человек в том числе и двух братьев Наталии Кирилловны, боярина Матвеева и др. и объявили Царевича Ивана Царем вместе с Петром, а 25-тилетнюю Царевну Софию, одноутробную сестру Царей Федора и Иван, провозгласили правительницей. После этого Стрельцы уже не знали пределов своеволии, в 1682 г. Староверы с начальником Стрельцов, Хованским, окружив Успенский Собор, требовали торжественного прения о вере, и созванный с этой целью под председательством самой Софии, Собор кончился казню ересиарха Никиты Пустосвята, едва не задушившего во время прений Афонасия, Архиепископа Холмогорского. Хованский во главе Стрельцов возбудил новые беспокойства, тогда был схвачен с сыном, и София велела отрубить им головы, а призванные Царевною городовые дружины укротили стрелецким Приказом вверено Шакловитому. Семилетнее господство Софии ознаменовано большим умом и заботливостью о лучшем порядке: в 1683 г. изданы: Сыщиков Наказ – для пресечения побегов крестьян, Писцовый Наказ – для размежевания поместьев и отчин и многие дополнительные постановления к Уложению. В 1686 г. под руководством Князя Голицына заключен с Польшей вечный мир, по которому Ян III Собиеский отказался на всегда от городов и земель, хотя временно уступленных, но еще занятых Москвой. В 1687 и 1689 гг. собрано до 200,000 войск и предприняты два неудачные похода в Крым, под начальством Князя Голицына.
Петр доселе жил с матерью в Преображенском и редко являлся в Москву, но достигнув совершеннолетия, тщетно требовал, чтобы София сложила с себя правления, а в 1689 г., пользуясь неудачами Крымских походов, настаивал на том, чтобы она не являлась народу, при торжественных выходах, тогда Шакловитый взялся умертвить Петра. Заговор был открыт, Петр удалился в Тройцкую Лавру, куда с ними последовали все верные долгу и присяге; они Стрельцы поддерживали Софию, но и она должна была смириться и Петр, заключив ее в Поводевчий монастырь, в 1689 г. с торжеством вступил в Москву и начал править государством.
